Mit der Reformation erhielt der Gemeindegesang eine wichtige Bedeutung im Gottesdienst. Martin Lutrher selbst spricht davon, dass im Gottesdienst nichts anderes geschehen solle, „denn dass unser lieber Herr selbst mit uns rede durch sein heiliges Wort, und wir wiederum mit ihm reden durch Gebet und Lobgesang“. Zur Unterstützung setzt sich in den Kirchen immer stärker die Orgel als das Kircheninstrument durch.
Ob die alte Kirche bereits bei ihrem Ausbau um 1540 eine Orgel bekommen hat ist nicht überliefert. Die vorhandenen Quellen weisen allerdings für 1550 einen Organisten Müller auf. Weitere bekannte Organisten waren u.a. Hermann Segebade (1561-1591), Georg Evers (1628-1644), Dietrich Wohltmann (1668-1679), Andreas Friedrich Dietrich Sellenstedt (1691-1709), Christian Wilhelm Möller (1709-1725) und Johann Henning Lübbing (1725-1778).
Von Lübbing gibt es auch eine Beschreibung der Orgel: „Die alte Stadtorgel hat in 21 Stimmen 1144 Pfeifen … diese Pfeifen haben auf Vier Wind=laden gestanden und zu drey Clavieren gehört, als zum 2. manual = und das Pedal = Clavier.“
An dem Instrument arbeiteten verschiedene Orgelbauer: Jonas Weigel aus Braunschweig (Reparatur 1646) und 1667 ein unbekannter Orgelbauer (neue Stimmen und Windlade werden aus Fallersleben gebracht). Von 1685 bis 1700 betreute der Braunschweiger Orgelmacher Otto Eilhart Batentier die Orgel. Seine Reparaturarbeiten 1687 kamen fast einem Neubau der Orgel gleich. Für weitere Arbeiten quittierte er am 25. Juni 1700 36 Reichstaler. Im gleichen Jahr wurden für Schmiedearbeiten über 52 Reichstaler ausgegeben.
Beim Abriß des alten Kirchenschiffs 1737 muss auch die Orgel abgebaut worden sein. Sie wurde eingelagert und in der neuen Kirche wieder aufgebaut. Allerdings machte dieses Instrument einen recht desolaten Eindruck. Organist Lübbing schlug deswegen einen Umbau der Orgel nach eigenen Plänen vor.
Im Sommer 1742 wurde dann auch noch Kontakt mit dem hannoverschen Hoforgelbaumeister Christian Vater (1679-1756) aufgenommen. Vater kam im Oktober nach Gifhorn und inspizierte die alte Orgel: „Nachdem ich die alte Orgel, welche in der Vorigen Kirche Zu Giffhorn gestanden, in Augenschein genommen, so befinde das selbige so wenig in die Neüe Kirche, noch auf den Platz da sie stehen soll, wieder Kan gesetzet werden, wo man nicht die Symmetrie samt dem prospect aufs eüserste verderben will, und welches doch nicht Zu verantworten wehre. derohalben ich mir den die mühe gegeben, bey kommenden abriß von einer Neüen Orgel woran hoffentlich nichts Wirt aus Zu setzen sein, Zu verfertigen, und Zu reiffer überlegung Zu über senden. [...] auch das Gantze werck so woll Zu Hannover als auch an Ort und stelle auf meine eigene Kosten Verfertige, so Verspreche ich vor 570 Rthlr eine gantz Neüe Orgell, woran die sämtliche Herren Interessenten ein sattsahmes Vergnügen haben sollen. wobey den auf meine ehre und gewißen beZeüge, das wegen bekanten umbständen ich so Viel möglich mich in überschlag den eüsersten Billigkeit bedienet, so das auch, wen bey mir und den Meinigen nicht ärger als ein Heyde Handeln will [...].“
Durch die schlechte Finanzlage verzögerte sich der Vertragsabschluss mit Christian Vater noch bis Mitte 1744. Letztlich musste die Gifhorner Bürgerschaft trotz vorheriger Belastung durch den Neubau des Kirchengebäudes auch hier erheblich zu den Baukosten beigetragen. Mit Reichsfreiherr Heinrich Grote (100 Reichstaler) und Freiherr von Marenholtz zu Schwülper (50 Reichstaler) konnten allerdings auch adelige Stifter gewonnen werden.
Nachdem schließlich der Kaufvertrag abgeschlossen war,. konnte Christian Vater mit deem Bau beginnen. Die Metallpfeifen der alten Orgel wurden eingeschmolzen und für die neu anzufertigenden Pfeifen benutzt. 1746 waren die Arbeiten in der Werkstatt in Hannover fast abgeschlossen: „waß ihre orgel betrifft so kan als ein Ehrlicher Mann versichern, daß bereits die Structur, die windladen nebst Clavire fertig, an dem übrigen aber mit allem fleiße gearbeitet wirt wie den auch Ihro Excellentz der Herr Cammer Praesidente mich durch dero HaußVerwalter sehr offte antreiben laßen, dem ich auch alle bereits fertige arbeit gezeiget. ich hoffe also am ende des May oder anfang Juny anstalt Zu machen da mit ein pahr wagens Zur abholung über gesand mögen werden, [...]“ Diese Zeilen beleuchten auch das große Interesse vom Reichsfreiherrn Grote an der neuen Gifhorner Kirche. Im September wurde die Teile auf drei Leiterwagen nach Gifhorn gebracht. Die restlichen Arbeiten fanden dann vor Ort in Gifhorn statt. Schwierigkeiten bereitete die unebene Lage der Orgelempore aber auch Material- und Personalmangel Vaters.
Am 28. August 1748 konnte Christian Vater nach Abschluss der Hauptarbeiten für die neue Orgel die Abrechnung erstellen. Es blieb bei den Kosten von 570 Reichstalern (+ 15 Reichstaler Trinkgeld für die Gesellen). Bereits 1746 hatte Vater versucht eine Erhöhung um 60 Reichstaler zu erreichen: „ [...] Nun sind beKanter maßen seit einigen Jahren die victualien nicht allein ungemein Kostbahr worden auch fast alle materialien im Preise sehr hoch gestiegen Zu geschweigen daß wegen der Krieges Troublen nicht Vermögend gewesen, Gesellen Zu erhalten die ienigen aber so noch beKommen Von endfernten Örtern ihnen die reiseKosten auf Post Vergüten müßen, auch durch starkes woche lohn und itziger Zeit Kostbahren unterhalt, bey behalten muß [...]“, aber vergeblich.
Zunächst dürfte die Orgel in einer holzsichtigen Rohbaufassung gestanden haben. Davon hat sich die direkt auf das Holz gemalte Registerbeschriftung erhalten. Schließlich schaltete sich der Reichsfreiherr Heinrich Grote, Kammerpräsident in Hannover und Stifter des Altars, ein und monierte den unfertigen Zustand. So wurde 1752 das Gehäuse dann durch den Maler und Hofvergolder Johann August Bartels (1723-1805) vergoldet und der Rest weiß gestrichen: „Ich, der Vergolder Bartels, übernehme, das Holz an ernannter Orgel zu vergolden und was nicht vergoldet wird, weiß zu bemalen, auch die Arbeit so gut und ohne Tadel zu machen, daß kein Fehler mit Fug daran gemacht werden soll, auch die Vergoldung so reich zu besorgen, daß diese Arbeit mit dem Altar accordiere,...“ (aus dem Kontrakt mit Amtmann Tiling vom 12. Juni 1752). Die Kosten übernahm komplett Heinrich Grote. Außerdem läßt sich aus dem Brief schließen, dass auch der Altar ursprünglich in weiß und gold gehalten war.
Die erwähnten Schwierigkeiten beim Aufbau der Orgel führten relativ schnell zu Problemen. Christian Vater war 1756 gestorben und seine Werkstatt aufgelöst worden. Er konnte nicht mehr herangezogen werden. So erstellte 1760 der Lüneburger Orgelbauer Georg Stein ein umfangreiches Gutachten. Er führte auch erste Reparaturen durch, für die er 60 Reichstaler verlangte.
1842/43 schloss sich eine Bearbeitung durch Hof-Orgelbauer Meyer zum Preis von 149 Talern an. 1872 wurden originale Stimmen zugunsten damals beliebter Register wie Viola da Gamba, Salicional und Violoncello getauscht.
Die Tonlage der Orgel um 1/4 Ton über Kammerton (= Normalstimmung) war seit langem Anlaß, eine Veränderung anzustreben. Nach der Reparatur 1872 war dieses Thema bis 1904 allerdings nicht mehr akut. Dann aber ergaben sich neuerliche Reparaturerfordernisse. Die Firma Furtwängler & Hammer aus Hannover schlug vor, eine ganz neue Orgel für Gifhorn zu bauen. Der Kostenanschlag vom September 1904 bezifferte sich auf 10.560 Mark. Das Zögern des Kirchenvorstandes bewirkte die Rückstellung des Vorhabens. Es wurde durch den Consistorialorgelrevisor Pastor Drömann/Elze aber 1916 wieder vorgetragen. Kriegsbedingt konnte das 12 Jahre alte Angebot der Firma Furtwängler & Hammer nicht aufrecht gehalten werden. Nun wurden 27.930 Mark gefordert. Der Auftrag war im Januar 1918 beschlossene Sache, jedoch führte eine erneute Kostensteigerung im Jahr 1919 zu einer Stornierung dieses Vorhabens.
Auch die Firma Sander/Braunschweig konnte das Blatt nicht wenden. In einem Kostenanschlag über die Erneuerung der Orgel in der Stadtkirche zu Gifhorn wurde ausgeführt: "Die Orgel in der Kirche daselbst ist gänzlich veraltet, unzureichend,... zu dünn, scharf und schreiend und nicht edel bzw. wohlklingend im Ton, schwer spielbar und klapperig und in der Registratur schlecht regierbar. Das Gebläse ist mit der Zeit sehr schlecht und abgenützt geworden. Ein Blasebalg mußte bereits, da er vollständig geplatzt ist, außer Tätigkeit gesetzt werden. In den übrigen Holzteilen sitzt an vielen Stellen der Holzwurm..."
Dennoch fehlten die Mittel, um eine neue Orgel zu erstellen, und dadurch wurde der Bestand der Christian-Vater-Orgel letztlich gerettet.
Am 30. Juni 1932 teilte das Landeskirchenamt mit: Die Orgel ist als ein "Werk von Denkmalswert anzusehen". Dadurch wurde auch die Beschlagnahme von Orgelpfeifen während der Kriegszeit verhindert.
Dennoch ließ der Zustand des Orgelwerkes ein weiteres Abwarten nicht zu. Nachdem das Instrument 1933 ein elektrisches Gebläse erhalten hatte, wurde 1935 eine Restaurierung durch Firma Furtwängler & Hammer im Sinne der Orgelbewegung ausgeführt. Auf den Stock der zu einem unbekannten Zeitpunkt entfernten Vox humana 8' wurde ein Dulzian-Fagott 16' gestellt. Anscheinend waren zu diesem Zeitpunkt die originalen Registerschilder auf dem Orgelgehäuse bereits übermalt und somit die Originaldisposition nicht mehr bekannt.
1947 versuchte man erneut, die Tieferstimmung der Orgel auf „Kammerton" zu erreichen. Auch gab es bereits die kirchenaufsichtliche Genehmigung, jedoch wurde diese Maßnahme bis 1958 verschoben und dann durch die Alternative, ein Chorpositiv zu beschaffen, ganz fallen gelassen.
Im Rahmen der Kirchenrenovierung wurde auf Initiative des Superintendenten Gottfried Küllig und des damaligen Kantors Gottfried Piper auch eine größere Reparatur der Orgel durch die niederländische Firma Flentrop / Zandaam ausgeführt. Diese Firma hatte bereits die große Christian-Vater-Orgel in der Oude Kerk zu Amsterdam restauriert und daher wichtige Erfahrungen sammeln können.
Die Verlagerung der Orgel von der oberen auf die untere Empore wurde aufgrund eines Vorschlages des Landeskonservators Wolf zugleich mit der Reparatur 1961 ausgeführt. Erst 37 Jahre später wurde bekannt, daß damals ein schwerer Unfall beinahe Opfer gefordert hätte. Das Orgelgehäuse ist beim Herabsenken von der zweiten auf die erste Empore seitlich abgestürzt, weil Halteseile nicht hielten. Erhebliche Beschädigungen im und am Gehäuse wurden repariert oder nur retuschiert.
Die Restaurierung umfaßte auch eine neue farbliche Gestaltung des Orgelprospektes, dem Altar angepaßt und in der Farbskala reichhaltiger ausgestattet.
Obwohl die Maßnahmen nach dem damaligen Kenntnisstand insgesamt sehr gut ausgeführt wurden, gab besonders die statisch ungünstige Sicherung des Orgelgehäuses einen Anstoß für die nächste Restaurierung.
Hinzu kamen, dass dringend nötige Reparaturarbeiten an der Gebäudesubstanz und den Fundamenten, die in den Jahren seit 1961 durchgeführt wurden, die Orgel erheblich in Mitleidenschaft gezogen hatten. Gutachten von 1985 und 1987 wiesen darauf hin, dass eine grundlegende Restaurierung der Orgel zur Erhaltung der Substanz des Gehäuses, des Pfeifenwerkes und der Windanlage unumgänglich sei.
Nach langer Vorplanung wurden im Jahre 1996 die Arbeiten für die jüngste Restaurierung des Orgelwerkes an Firma Gebr. Hillebrand aus Altwarmbüchen bei Hannover und für die Farbfassung des Orgelgehäuses an Firma Ochsenfarth in Paderborn vergeben.
Dabei wurde die Orgel komplett abgebaut und zur Überarbeitung in die Werkstatt nach Altwarmbüchen transportiert. Beim Wiederaufbau wurde das Gehäuse mit einem Grundrahmen aus Eichenholz versehen. Dieser ist schwimmend auf einem auf dem Emporenfußboden verankerten Rahmen gelagert. Sämtliche später ausgetauschten Pfeifen wurden entfernt und durch rekonstruierte Pfeifen nach der Originalregistratur von Vater ersetzt. An den Registertafeln wurde die Originalbeschriftung von 1748 wieder freigelegt. Im Februar 2000 konnten die Arbeiten abgeschlossen und die Orgel ihrer Bestimmung in neuer Schönheit und Klangfülle übergeben werden.
Bei der farblichen Gestaltung wurde nicht die originale Farbgestaltung von 1752 wiederhergestellt. Sondern man orientierte sich an den Farben des Altars und wählte im unteren Bereich eine Gestaltung in hellen Weiß- und Grautönen. Im oberen Prospektbereich wurde auch ein Rotton und Gold verwendet.
Seit der Restaurierung konnte die Orgel bei Gottesdiensten und zahlreichen Konzerten mit neuer Klangfülle erfreuen. Es hat viele Zuhörer erstaunt, welche Kraft und Dynamik in diesem Instrument durch sachkundige Organisten lebendig werden kann.
„Die Christian-Vater-Orgel in der Ev.-Luth. St. Nicolai-Kirche zu Gifhorn“, Gifhorn 2000
Gottfried Piper, „Die Orgeln des Kirchenkreises Gifhorn“, Gifhorn 1967
Ulrich Roshop, "Die St.-Nicolai-Kirche in Gifhorn", Veröffentlichungen Heft 3 des Museums- und Heimatverein Gifhorn e.V., Gifhorn 1980
Reinhard Skupnik, „Der hannoversche Orgelbauer Christian Vater 1679-1756“, Verlag Bärenreiter, Kassel 1976
