Mit der Reformation erhielt der Gemeindegesang eine wichtige Bedeutung im Gottesdienst. Martin Luther selbst spricht davon, dass im Gottesdienst nichts anderes geschehen solle, »denn dass unser lieber Herr selbst mit uns rede durch sein heiliges Wort, und wir wiederum mit ihm reden durch Gebet und Lobgesang«. Zur Unterstützung setzte sich in den Kirchen immer stärker die Orgel als das Kircheninstrument durch.
Wann die zweite Kirche eine Orgel bekommen hat ist nicht überliefert. Die vorhandenen Quellen weisen allerdings bereits für 1550 einen Organisten Müller auf.
Weitere Dokumente gibt es erst aus dem 17. Jahrhundert. So reparierte 1643 der Orgelbauer Jonas Weigel aus Braunschweig das Instrument und führte auch in den folgenden Jahren noch kleinere Arbeiten durch. 1658 wurde ein unbekannter Orgelbauer aus Fallersleben tätig, der neue Stimmen und eine Windlade einbaute.
Von 1680 bis 1700 betreute der Braunschweiger Orgelmacher Otto Eilhard Botienter die Orgel. Er führte in den Jahren 1687/88 eine große Reparatur durch, die fast einem Neubau der Orgel gleichkam. Für die Arbeiten wurden viele Säcke Kohlen verbraucht, da etliche Pfeifen neu gegossen werden mussten. Insgesamt summierten sich die Kosten auf 136 Taler und ein Jahr darauf noch einmal 138 Taler. Für weitere Arbeiten quittierte er am 25. Juni 1700 36 Taler. Im gleichen Jahr wurden für Schmiedearbeiten über 52 Taler ausgegeben.
Letzter Organist an dieser Orgel war Johann Henning Lübbing. In seiner langen Dienstzeit von über fünfzig Jahren hat er auch noch die neue Orgel in der neuen Kirche erlebt. Von ihm hat sich eine Beschreibung der alten Orgel erhalten. Danach hatte diese 1144 Pfeifen, aufgeteilt in 21 Register auf 2 Manuale und Pedal.
Beim Abriß des alten Kirchenschiffs 1737 wurde zwangsläufig auch die Orgel abgebaut und im Rathaus eingelagert. Allerdings machte dieses Instrument einen recht desolaten Eindruck. Organist Lübbing schlug deswegen einen Umbau der Orgel nach eigenen Plänen vor.
Im Sommer 1742 wurde dann auch noch Kontakt mit dem hannoverschen Hoforgelbaumeister Christian Vater (1679-1756) aufgenommen. Vater kam im Oktober nach Gifhorn und inspizierte die alte Orgel. Er stellte fest, dass die alte Orgel nicht zur neuen Kirche passen würde, und schlug vor, für 570 eine neue Orgel anzufertigen.
Durch die schlechte Finanzlage verzögerte sich der Vertragsabschluss mit Christian Vater noch bis Mitte 1744. Die Gifhorner Bürgerschaft musste dabei trotz vorheriger Belastung durch den Neubau des Kirchengebäudes auch hier erheblich zu den Baukosten beigetragen. Mit Reichsfreiherr Heinrich Grote (100 Taler) und Freiherr von Marenholz zu Schwülper (50 Taler) konnten allerdings auch adelige Stifter gewonnen werden.
Nachdem schließlich der Kaufvertrag abgeschlossen war, machte sich Christian Vater an die Arbeit. Die Metallpfeifen der alten Orgel wurden eingeschmolzen und für die neu anzufertigenden Pfeifen benutzt. 1746 waren die Arbeiten in der Werkstatt in Hannover soweit abgeschlossen. Im September wurde die Teile auf drei Leiterwagen nach Gifhorn gebracht. Die restlichen Arbeiten fanden dann vor Ort in Gifhorn statt. Schwierigkeiten bereitete die unebene Lage der Orgelempore aber auch Material- und Personalmangel Vaters. Am 28. August 1748 konnte Christian Vater nach Abschluss der Hauptarbeiten für die neue Orgel die Abrechnung erstellen. Es blieb bei den Kosten von 570 Talern (+ 15 Taler Trinkgeld für die Gesellen). Bereits 1746 hatte Vater versucht eine Erhöhung um 60 Taler zu erreichen, aber vergeblich.
Zunächst stand die Orgel in einer holzsichtigen Rohbaufassung. Davon hat sich die direkt auf das Holz gemalte Registerbeschriftung erhalten. Vier Jahre später wurde das Gehäuse dann durch den Maler und Hofvergolder Johann August Bartels (1723-1805) vergoldet und der Rest weiß gestrichen. Damit erhielt sie die gleiche Farbgestaltung wie der Altar und die Priechen.
Die erwähnten Schwierigkeiten beim Aufbau der Orgel führten relativ schnell zu Problemen. Christian Vater war 1756 gestorben und seine Werkstatt aufgelöst worden. Er konnte nicht mehr herangezogen werden. Man wandte sich an den Orgelbauer Johann Georg Stein (1712-1785) in Lüneburg. Dieser erstellte 1760 ein umfangreiches Gutachten. Dabei monierte er auch das minderwertige Material, das Vater für die Pfeifen verwendet habe. Für die Durchführung dieser Arbeiten verlangte er 68 Taler. Nach Beendigung seiner Arbeiten ließen die Kirchenältesten extra einen Organisten Breyer aus Braunschweig kommen, der die Orgel zu »examinieren« hatte.
Die nächsten kleineren Reparaturen an der Orgel führte 1779 und 1805 der Hof-Orgelbauer Johann Ferdinand Hüsemann (1743-1812) aus Braunschweig durch. In den Jahren 1815 und 1822 sind Reparaturen durch einen Orgelbauer Noack aus Braunschweig dokumentiert.
1842/43 war dann eine größere Reparatur fällig. Der damalige Organist Thies beklagte, dass schon über 17 Jahre nichts an der Orgel gemacht worden wäre. Beauftragt wurde der Hoforgelbauer Ernst Wilhelm Meyer aus Hannover (1779–1868). Nach dem Angebot hat dieser dabei ein Register ausgetauscht (Cornett 2‘ in Trompete 4‘). Außerdem mussten zwei Bälge erneuert werden. Insgesamt kostete die Reparatur 149 Taler.
Die nächste kleinere Reparatur an der Orgel erledigte bereits 1848 ein Orgelbauer Charles de Berger.
Danach war für einige Jahrzehnte Pause mit Reparaturen. Doch 1872 bestand wieder Handlungsbedarf. Thies war immer noch als Organist tätig. (Er konnte 1878 sogar noch sein 50jähriges Dienstjubiläum feiern.) Inzwischen hatte sich der Zeitgeschmack deutlich geändert. Statt barockem Klang musste es jetzt das breite Spektrum romantischer Töne sein. Der Hof- und Schlossorganist Heinrich Enckhausen aus Hannover (1799-1885) fertigte ein Gutachten an. Daraufhin wurde der Celler Orgelbauer Heinrich Vieth eingeschaltet, der eine Stellungnahme zu dem Gutachten abgab.
Schließlich wurde man sich handelseinig. Vieth nahm tiefgreifende Änderungen vor. Im Zuge einer »Klangverbesserung« wurden Register ausgetauscht: Viola da Gamba 8‘ ersetzte die Vox humana 8‘, auf einer angehängten Schleife entstand ein Salicional 8‘ und im Pedal ersetzte man die Rauschpfeife durch ein Violoncello. Im Mai 1873 konnte Organist Thies seinen Abschlussbericht zu dem Umbau verfassen. Vieth übernahm dann auch in den Jahren danach bis 1889 die Wartung der Orgel.
Die Tonlage der Orgel um 1/4 Ton über Kammerton (= Normalstimmung) war seit langem Anlass, eine Veränderung anzustreben. Nach der Reparatur 1873 war dieses Thema bis 1904 allerdings nicht mehr akut. Doch dann erkannte der damalige Organist Ernst Wilhelm Köhler, dass erneut Reparaturen notwendig seien. Er wandte sich an die Firma P. Furtwängler & Hammer. Diese schlug vor, eine ganz neue Orgel für Gifhorn zu bauen, die mit 3 Manualen und 60 klingenden Stimmen auch deutlich größer ausfallen sollte. Der Kostenanschlag vom September 1904 bezifferte sich auf 10.560 Mark. Das Zögern des Kirchenvorstandes bewirkte die Rückstellung des Vorhabens. Es wurde durch den Konsistorialorgelrevisor Pastor Christian Drömann aus Elze aber 1916 wieder vorgetragen. Kriegsbedingt konnte das 12 Jahre alte Angebot der Firma P. Furtwängler & Hammer nicht aufrecht gehalten werden. Nun wurden 27.930 Mark gefordert. Der Auftrag war im Januar 1918 beschlossene Sache, jedoch führte eine erneute Kostensteigerung im Jahr 1919 zu einer Stornierung dieses Vorhabens.
Auch die Firma Sander aus Braunschweig konnte das Blatt nicht wenden. Auch wenn das Urteil sehr vernichtend ausfiel, so überstieg doch auch dieser Kostenanschlag die verhandenen Mittel der Kirchengemeinde deutlich. Und so wurde der Bestand der Christian-Vater-Orgel gerettet.
Am 30. Juni 1932 teilte das Landeskirchenamt mit, dass die Orgel als ein Werk von Denkmalswert anzusehen sei. Dadurch wurde auch die Beschlagnahme von Orgelpfeifen während der Kriegszeit verhindert.
Das Thema Neubau war damit endgültig vom Tisch. Allerdings waren dringend Reparaturen an dem Orgelwerk durchzuführen. Nachdem das Instrument 1933 ein elektrisches Gebläse erhalten hatte, wurde 1935 eine Restaurierung durch Firma Furtwängler & Hammer im Sinne der Orgelbewegung ausgeführt. Auf den Stock der entfernten Vox humana 8' wurde ein Dulzian-Fagott 16' gestellt. Anscheinend waren zu diesem Zeitpunkt die originalen Registerschilder auf dem Orgelgehäuse längst übermalt und somit die Originaldisposition nicht mehr bekannt.
Wer meinte, dass mit dem Denkmalschutz auch alle Diskussionen beendet wären, der erlebte nach dem Krieg etwas anderes. Der damalige Organist Dr. Friedrich Gebhardt eröffnete 1947 eine neue Runde. Wieder ging es darum, eine Tieferstimmung der Orgel auf »Kammerton« zu erreichen. Ein Antrag des Kirchenvorstandes in dieser Richtung wurde vom Landeskirchenamt positiv beschieden. Beauftragt wurde wieder die Firma Furtwängler & Hammer. Doch kam es zu keinem befriedigenden Ergebnis. 1951 wurde der Vertrag gekündigt. Dafür durfte sich jetzt die Firma Hillebrand versuchen. Doch nach sechs Jahren wurde auch dieser Vertrag gelöst. Inzwischen hatte der Organist gewechselt. Ein dritter Versuch wurde mit der Firma Weißenborn unternommen, auch das ohne Erfolg. Da ergab sich eine neue Lage. Das Landeskirchenamt schlug 1958 vor, ein kleines Chorpositiv zu beschaffen und dafür an der Stimmung der großen Orgel nichts zu ändern.
Im Rahmen der Kirchenrenovierung wurde auf Initiative des Superintendenten Gottfried Küllig und des damaligen Kantors Gottfried Piper auch eine größere Reparatur der Orgel durch die niederländische Firma Flentrop in Zandaam ausgeführt. Diese Firma hatte bereits die große Schnitger-Orgel in der Grote Kerk in Zwolle restauriert und dabei wichtige Erfahrungen sammeln können.
Im April 1961 wurde die Orgel »gut verpackt« in die Niederlande geschickt. Bereits fünf Monate später war sie repariert wieder in Gifhorn. Trotz des engen Zeitplans konnte dabei die alte Disposition zu großen Teilen wieder hergestellt werden.
Um 1900 hatte man die Mittelteile der beiden Priechen vergrößert. Das beeinträchtigte den Klang der Orgel. Deswegen schlug der Landeskonservator Wolf vor, das Instrument auf die untere Prieche zu verlagern. Diese Maßnahme wurde durch Mitarbeiter einer örtlichen Tischlerei durchgeführt. Erst viele Jahre später wurde bekannt, dass dabei ein schwerer Unfall beinahe Opfer gefordert hätte. Das Orgelgehäuse war beim Herabsenken von der zweiten auf die erste Prieche seitlich abgestürzt, weil Halteseile nicht hielten. Erhebliche Beschädigungen im und am Gehäuse wurden repariert oder nur retuschiert. Gleichzeitig verkleinerte man wieder die obere Prieche zu einem schmalen Umgang. Insgesamt verbesserte sich der Raumklang des Instrumentes.
Die Restaurierung umfasste auch eine neue farbliche Gestaltung des Orgelprospektes. Der Kunstmaler Rudolf Droste passte die Farben dem Altar an. So wurde auch der Prospekt in der Farbskala reichhaltiger ausgestattet. Außerdem wurden 1962 noch auf die Innenflügel der Klappen des Brustwerks Bilder von musizierenden Engeln gemalt.
Obwohl die Maßnahmen nach dem damaligen Kenntnisstand insgesamt sehr gut ausgeführt wurden, gab besonders die statisch ungünstige Sicherung des Orgelgehäuses einen Anstoß für die nächste Restaurierung.
Hinzu kamen, dass dringend nötige Reparaturarbeiten an der Gebäudesubstanz und den Fundamenten, die in den Jahren seit 1961 durchgeführt wurden, die Orgel erheblich in Mitleidenschaft gezogen hatten. Gutachten von 1985 und 1987 wiesen darauf hin, dass eine grundlegende Restaurierung der Orgel zur Erhaltung der Substanz des Gehäuses, des Pfeifenwerkes und der Windanlage unumgänglich sei.
Nach langer Vorplanung wurden im Jahre 1996 die Arbeiten für die jüngste Restaurierung des Orgelwerkes an Firma Gebr. Hillebrand in Altwarmbüchen bei Hannover und für die Farbfassung des Orgelgehäuses an Firma Ochsenfarth in Paderborn vergeben.
Dabei wurde die Orgel komplett abgebaut und zur Überarbeitung in die Werkstatt nach Altwarmbüchen transportiert. Beim Wiederaufbau wurde das Gehäuse mit einem Grundrahmen aus Eichenholz versehen. Dieser ist schwimmend auf einem auf dem Priechenfussboden verankerten Rahmen gelagert. Im Februar 2000 konnten die Arbeiten abgeschlossen und die Orgel ihrer Bestimmung in neuer Schönheit und Klangfülle übergeben werden.
Seit der Restaurierung hat die Orgel bei Gottesdiensten und zahlreichen Konzerten mit neuer Klangfülle die Zuhörer erfreut. Viele waren erstaunt, welche Kraft und Dynamik in diesem Instrument durch sachkundige Organisten lebendig werden kann.
David Menge u.a. (Hrsg.): »Die Christian-Vater-Orgel in der Ev.-Luth. St. Nicolai-Kirche zu Gifhorn«, Voigt Druck, Gifhorn 2000
Gottfried Piper: »Die Orgeln des Kirchenkreises Gifhorn«, Gifhorn 1967
Ulrich Roshop: »Die St.-Nicolai-Kirche in Gifhorn«, Veröffentlichungen Heft 3 des Museums- und Heimatverein Gifhorn e.V., Gifhorn 1980
Reinhard Skupnik, »Der hannoversche Orgelbauer Christian Vater 1679-1756«, Verlag Bärenreiter, Kassel 1976
